Windows CE系统
按照微软官方的定义：“Windows Mobile 将熟悉的 Windows 体验扩展到了移动环境中，所以您可以立即使用它投入工作。”
Windows Mobile包括Pocket PC、SmartPhone以及Pocket PC Phone三大平台体系，Windows Mobile具有录音、音视频播放等多媒体功能。由于大多数机型支持彩色显示，因此耗电量极大，并且由于Windows CE本身对于资源的巨大吞噬作用，所以在能耗方面Windows CE系统要明显逊于Palm操作系统。在功能扩展方面微软比较倾向于集成使用，用户可以根据自己的需要增加内存、摄像头、调制解调器等设备。
针对中国用户而言，Windows Moblie的中文操作系统已经比较成熟。目前，摩托罗拉、ARM、ST、NeoMagic、德州仪器、Intel、三星、现代都已经生产了针对该系统的处理器；有数十家制造商生产基于Smartphone和Pocket PC技术的移动设备，有35家运营商分销这些产品。
SmartPhone手机源于Windows Mobile家族，Windows Mobile家族主要包括 Pocket PC、Pocket PC Phone Edition、Smartphone、 Portable Media Center这4个系列产品。
为了积极进入更加广阔的移动通信市场，微软把在PDA 市场所使用的 Pocket PC 操作系统，改良加入电话的功能，成为新型的 Pocket PC Phone，并在2002年时积极的向手机市场迈进，推出基于 Smartphone 的手机系统。
虽然Smartphone和Pocket PC Phone手机都是基于微软WindowsCE系统的产品，由于在基本设计出发点不同，所以操作、应用程序上也有所不同。它们的软件不能通用，操作上PPC手机一般是采用触摸屏操作，而Smartphone手机只能使用手机的按键来操作。
虽然PPC手机的功能十分强大，但由于它高昂的价格和硕大的体积不是每个用户都能够认可的，SmartPhone的出现就是为了让智能手机更加大众化，以类似于普通手机的体积和相对低廉的价格使用户感受到智能手机给我们到来的便利，当然也为微软公司获得更多的利润。
Smartphone手机中使用的操作系统有Smartphone2002和Smartphone2003两个版本，这两个版本实质上并没有太大的变化，只是2003系统增加了对新硬件技术的支持，就像Windows2000和XP这种版本的升级相似。现在我们市场上出售的的SmartPhone手机主要是采用的SmartPhone2003操作系统。
Linux系统
Linux凭借其自由、免费、开放源代码的优势，经过来自互联网、遍布全球的程序员的努力，再加上IBM、Sun等计算机巨头的支持，Linux在手机操作系统市场中异军突起，尤其是在众多知名厂商宣布支持Linux手机操作系统之后，Linux的发展将不容忽视。
由于Linux具有源代码开放、软件授权费用低、应用开发人才资源丰富等优点，便于开发个人和行业应用。这一特点非常重要，因为丰富的应用是智能手机的优越性体现和关键卖点所在。从应用开发的角度看，由于Linux的源代码是开放的，有利于独立软件开发商(ISV)开发出硬件利用效率高、功能更强大的应用软件，也方便行业用户开发自己的安全、可控认证系统。
采用Linux操作系统的理由是降低智能手机的生产成本。Linux开发起来最大的特点是从根本上开放源代码，与其他系统相比，采用开放源代码的Linux手机操作系统能够大大降低成本。而且开放源代码还有一个好处是允许手机制造商根据实际情况，有针对性地开发适合自己手机的Linux操作系统，这样既能让自己的产品有特色，又能避免受制于人，还能够满足用户多方面的应用。到现在，手机的应用就由通话和简单的邮件传输，发展到Web浏览和拍照摄影，照片编辑，动画播放等多个方面，这样一来，手机软件的开发规模是3年前5倍以上。基于这个原因，开发Linux OS，开发者教育等各方面的成本就削减了不少，从而上市的产品便会更具竞争力。
Linux操作系统在使用中的优点也是十分明显的。首先，对于消费来说，采用的应用于智能手机上的Linux操作系统和我们常说的应用于电脑上的Linux操作系统是一个系统，而且都是全免费操作系统。在操作系统上的免费，就等于节省了产品的生产成本，附加到消费者身上的也就少了，给大家带来了实惠。Linux操作系统系统资源占用率较低，而且性能比较稳定，这都是大家公认的。使用起来能带来急速体验，在同硬件配置上，能获得其他智能手机操作系统得不到的快乐。如果以Linux平台的系统资源占用程度同体积庞大。
早在2000年，韩国公司Palm就推出了第一台采用Linux的Tynux手机。2003年1月，NEC宣布将在其手机中使用Linux操作系统，代表着Linux成功进军手机领域。摩托罗拉A760却抢现发布抢先，进入市场，抢了NEC头筹，随后，采用Linux手机智能系统得手机开始多起来了，韩国手机巨头三星，LG也先后加入了Linux手机智能系统阵营。就国产手机而言，各大国内厂商推出智能手机从去年开始升温，到现在已经进入一个飞速发展的阶段。
列入国家８６３计划的中兴智能手机e3的推出，代表着国产手机在Linux智能手机上的最高成就。国产手机能否借Linux打个翻身仗，还是个疑问。支持LINUX操作系统的机型：摩托罗拉A768I、摩托罗拉A780、飞利浦968、海尔N60、中兴E3。
由于智能手机结合了强大的硬件运行能力以及开放的软件操作系统，因此无论是娱乐还是商务应用，智能手机的功能都能够在强大的第三方软件的支持下获得无限的扩展。因此，在未来的手机市场上，智能手机将引领整个手机发展的潮流，而不是局限于现在的高端手机。手机未来的趋势是开放系统会逐步地挤掉封闭系统和专有系统。