微软为百元PC量身定做的3美元软件或许派不上用场了。百元PC计划的相关负责人向媒体透露，曾因成本问题拒绝了微软最近推出的3美元低价软件套装。
如果顺利，微软的3美元软件应有政府采购进库，然后免费给学生们安装在百元PC上，但是据杰普森表示，软件操作系统必须额外购买2块闪存，换算后成本仍高达20美元，并不适合发展中国家的情况，百美元笔记本当初设计目的即是为了作为发展中国家学生学习工具。
现在百元PC安装的系统是免费开源软件Linux，而非之前传闻中的Windows。也就是说，微软对于软件不开源的坚持也使其可能无缘百元PC计划，杰普森认为，微软拒绝软件开源，这给100美元笔记本在该3美元软件套装的使用与创新上造成障碍。
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